В годы Великой Отечественной войны Таганрог находился во временной фашистской оккупации 683 дня. В середине октября 1941 года началась эвакуация промышленных предприятий на восток, в том числе ценностей банков и документов архивов, в том числе судов.  

После освобождения Таганрога 30 августа 1943 года в городе заработали суды Ленинского, Октябрьского и Орджоникидзевского районов, которые были разбиты на участки, и на каждом участке находился свой судья.  

Некоторые этапы работы судов:

Сентябрь 1943 года — начал деятельность народный суд 1-го участка Ленинского и Орджоникидзевского районов (судья Ленинского участка Кожухов, секретарь Оганесян  судья Орджоникидзевского народного суда Михайленко, секретарь Кирьянова)

1944 год — восстановили работу суды 2-го участка (судья Борисова, секретарь Витиско  — Ленинский район, судья Лазарева, секретарь Судак — Орджоникидзевский район). 

 1944 и 1946 годы — начали деятельность народные суды Сталинского (Октябрьского) района (судья 2-го участка — Маныч, 3-го участка — Дараган ) 

В годы Великой Отечественной войны общая судебная система в основном сохранялась и соответствовала Конституции СССР 1936 года. Не были изменены и основные принципы её организации и деятельности. В условиях войны сохранялись такие принципы осуществления правосудия, как устность, непосредственность, гласность, право обвиняемого на защиту, независимость судей и подчинение их только закону.